プロジェクト

腹部膨満症-細菌組成関連調査に向けたマダイ仔魚腸内及び飼育水中の細菌叢16S rRNA遺伝子データベースの構築

著 者

實野佳奈1，井手圭吾1,2， 西川洋平2,3, 松永浩子3， 鈴木吉典4，倉石祐5，野田浩之5，岡本一利5， 竹山春子1,2,3,6

（1:早大院先進理工, 2:産総研 CBBD-OIL, 3:早大ナノライフ創新研，4:温水利用研究センター，5:静岡県水産技術研究所，6:先進生命動態研）

概 要

静岡県温水利用センターで養殖されているマダイ仔魚を対象に、腹部膨満症発症・非発症個体の消化管、仔魚を飼育する水槽中の海水、 給餌に使用するワムシに含まれる全ての細菌の16S rRNA遺伝子配列 (V3-V4) 情報を取得し、細菌組成解析を実施した。

referencies

・Bolyen E, Rideout JR, Dillon MR, Bokulich NA, Abnet CC, Al-Ghalith GA, Alexander H, Alm EJ, Arumugam M, Asnicar F, Bai Y, Bisanz JE, Bittinger K, Brejnrod A, Brislawn CJ, Brown CT, Callahan BJ, Caraballo-Rodríguez AM, Chase J, Cope EK, Da Silva R, Diener C, Dorrestein PC, Douglas GM, Durall DM, Duvallet C, Edwardson CF, Ernst M, Estaki M, Fouquier J, Gauglitz JM, Gibbons SM, Gibson DL, Gonzalez A, Gorlick K, Guo J, Hillmann B, Holmes S, Holste H, Huttenhower C, Huttley GA, Janssen S, Jarmusch AK, Jiang L, Kaehler BD, Kang KB, Keefe CR, Keim P, Kelley ST, Knights D, Koester I, Kosciolek T, Kreps J, Langille MGI, Lee J, Ley R, Liu YX, Loftfield E, Lozupone C, Maher M, Marotz C, Martin BD, McDonald D, McIver LJ, Melnik AV, Metcalf JL, Morgan SC, Morton JT, Naimey AT, Navas-Molina JA, Nothias LF, Orchanian SB, Pearson T, Peoples SL, Petras D, Preuss ML, Pruesse E, Rasmussen LB, Rivers A, Robeson MS, Rosenthal P, Segata N, Shaffer M, Shiffer A, Sinha R, Song SJ, Spear JR, Swafford AD, Thompson LR, Torres PJ, Trinh P, Tripathi A, Turnbaugh PJ, Ul-Hasan S, van der Hooft JJJ, Vargas F, Vázquez-Baeza Y, Vogtmann E, von Hippel M, Walters W, Wan Y, Wang M, Warren J, Weber KC, Williamson CHD, Willis AD, Xu ZZ, Zaneveld JR, Zhang Y, Zhu Q, Knight R, and Caporaso JG. 2019. Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2. Nature Biotechnology 37: 852–857. https://doi.org/10.1038/s41587-019-0209-9
・Nicholas A. Bokulich, Benjamin D. Kaehler, Jai Ram Rideout, Matthew Dillon, Evan Bolyen, Rob Knight, Gavin A. Huttley, and J. Gregory Caporaso. Optimizing taxonomic classification of marker-gene amplicon sequences with qiime 2’s q2-feature-classifier plugin. Microbiome, 6(1):90, 2018. URL: https://doi.org/10.1186/s40168-018-0470-z, doi:10.1186/s40168-018-0470-z.

関連サイトリンク (順不同,敬称略)

早稲田大学
生命情報・DDBJセンター